jeudi 23 avril 2020

Sras-Cov-2 données statistiques


L'information sur "le covid-19" circule beaucoup, mais la plupart des données sont non-interprétables, biaisées, voire flouées. La confusion la plus importante découle de l'usage de l'expression "nouveaux cas", qui ne désigne pas les personnes nouvellement infectées sur un territoire chaque jour, mais les personnes dépistées, soit détectées : deux chiffes très différents. Ils n'ont même presque rien à voir dans un pays comme la France, où le nombre des détectés reflètent surtout les faiblesses de la mise en place des dépistages (qu'une certaine propagande s'acharne à présenter comme non-pertinents, tout comme les masques étaient inutiles en mars)... Seuls les variations secondaires relatent le fond du signal dans cette courbe des détectés. On distingue ainsi des pulsations hebdomadaires, dont la durée est très précisément de 7 jours. Comme elle se corrèlent à échelle mondiale, cela interroge quant à la méthodologie : est-ce lié à la moindre activité des dépistages durant le week-end, ou s'agit-il d'une plus grande contamination les jours ouvrables ? La question mérite de s'y pencher - il faudrait connaitre les modalités (fermetures des laboratoires d'analyse les samedis-dimanches, avec résultats amplifiés les lundis-mardis) pour séparer l'artefact du fait naturel.

Pour des données plus sérieuses, il faut reprendre à sa source le "big data" avec les bulletins délivrés quotidiennement par l'OMS (WHO), reprendre chaque série sur tableur et produire ses propres graphiques afin de multiplier les comparaisons, voir les pays où le dépistage se fait à plus grande échelle, et tenter d'établir des déductions à échelle locale. On peut choisir les pays voisins et des pays plus lointains contaminés précocement (Corée du Sud) ou tardivement (U.S.), en évitant ceux où l'information peut sembler contestable (Iran) ou atypique (Chine).



Le premier graphique interprétable consiste à reprendre les chiffres de l'OMS par pays et à diviser cette donnée par la population en millions d'habitants : cela donne le nombre de "nouveaux cas détectés" en éliminant les effets de volume des différents pays. Lissée par une moyenne sur cinq jours, afin d'éviter les bruits de fond (ce qui déplace les résultats légèrement vers la droite), les courbes forment des oscillations montrant le moment d'impulsion de la contamination vers mi-mars, puis la saturation des modalités de dépistages (dépassés par le nombre des contaminés) vers fin mars - en même temps que les mesures de confinement atténuent le phénomène. Ce classement mélange à la fois le sérieux de la politique de dépistage, l'ampleur de la maladie sur les territoires et l'impact du confinement. L'Espagne, l'Italie, les Etats-Unis ou la Grande-Bretagne semblent beaucoup plus impactés. D'autres comme la Corée, et dans une moindre mesure l’Allemagne et les Pays-Bas sont faiblement touchés. La France s'apparente ici à cette dernière catégorie, des moins touchés, mais ce résultats ne tient pas dans une deuxième analyse.

Ce deuxième graphique représente le nombre de décès (lui-même corrélé aux nombres de placements dans les services de réanimation - ce qui est intéressante pour la gestion de la crise). La première remarque concerne la superposition de ces courbes de mortalité avec celles des détectés (du moins en considérant pays par pays) ; ceci indique que le moment de saturation des tests correspond bien à un maximum dit "pic de contamination" (reflétant partiellement le moment du confinement). Le léger décalage du sommet des courbes avec celle du dépistage montre que les patients décèdent en moyenne plusieurs jours après le dépistage (3 à 5 jours environ).

La seconde déduction est plus importante encore. Elle révèle divers changement dans le classement des pays. Le nombre de mort est plus difficile à biaiser que celui des détectés, même si l'on sait que le fait de classer un mort dans telle ou telle catégorie peut changer, ou que l'on peut ignorer les décès "à domicile" ou en EPHAD. Cette donnée reste cependant beaucoup plus fiable pour connaître la contamination. Cette fois, les pays les plus touchés sont : l'Espagne, la France, l'Italie, la Grande-Bretagne. Hormis la Corée, quasiment non-touchée, les pays occidentaux les moins atteints sont désormais l'Allemagne, les Etats-Unis (sous réserve d'avoir atteint un pic"), les Pays-Bas.

La position de la France est atypique : la meilleure dans le premier classement (le plus faible nombre de détectés), elle devient la plus mauvaise dans le deuxième (le plus fort nombre de décès). Il convient donc d'en passer par une troisième analyse : le nombre de décès sur le nombre de cas détectés pour comprendre cette anomalie.


Ces courbes sont les plus pertinentes pour une analyse : elle reflète, à leur manière, l'évolution du sérieux dans la prise en compte de la maladie. Plus le nombre de décès est bas relativement aux nombre de cas détectés, plus la politique de dépistage est active. Des taux sous les 1% montrent soit un dépistage quasi-systématique (réalité pure de la contamination : probablement la Corée), soit des mesures faites avant que le pays ne soit véritablement touché (Allemagne début mars).

De manière générale, les taux faibles montre le sérieux de trois pays : la Corée (décontaminée, la hausse récente démontre désormais la pertinence d'un ciblage des détections), l'Allemagne, les Etats-Unis. Le cas des Etats-Unis est atypique : la forte valeur au départ (10% des détectés sont morts) montre la mauvaise gestion dans la politique de dépistage début mars ; cette politique se retourne vers mi-mars pour devenir au contraire des plus sérieuses (1% des détectés sont morts) .

Les pays moins sérieux sont aussi les plus touchés, ce qui est révélateur : Italie, Espagne, Grande-Bretagne, Pays-Bas. La France se distingue avec un rapport atteignant presque les 1/5 entre le nombre de décès constatés et de tests positifs... Si l'on admet que la mortalité réelle de la maladie est sous 1% (disons 0,5%), alors la France ne détecte qu'un cas sur 100 - même avec un immense nombre de patients "asymptomatiques" (fait invérifiable, probablement destiné à cacher notre incompétence dans la détection de la maladie) - ce résultat démontre surtout l'incapacité du pays à trouver des réponses matérielles face à cette crise : absence de test, de masques, de gel, et probablement de vaccin à l'issue.

Plus inquiétant encore : le silence médiatique...

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